11 Kasım 2013 Pazartesi

Gen Sifresi Cozuldu!

Diye baslayan haberlere pek inanmayin derim.
Gen sifresi cozuldu ne demek? Insanin zaten gen haritasi cikarilmis, orada ne yazdigi biliniyor. Isterseniz kendiniz de birkac bin dolar karsiliginda 3 trilyon civarindaki genlerinizi okutturabilirsiniz. Mesele, orada yazanin ne anlama geldigi.
50 sene once, Watson ve Crick DNAnin yapisini acikladiklari zaman, hayatin sifresi bulundu denmisti. Evet, canliligi olusturan ve hucreyi "yoneten" sifrenin yapitasi cozulmustu. Ama bugun geriye donup baktigimizda, sahsim adina konusuyorum, baktigimda, aslinda sifrenin henuz cozulmemis oldugunu goruyorum. DNA dizilmini bilsen de, DNA nin olusturdugu genlerin ne ise yaradigini bilmen gerekiyor. Her hucrede veya hucre grubunda degisik gen dizileri aktif oluyor vs vs...
Yani sadece genle is bitmiyor. Haber sitelerindeki bilimle alakali cikan haberler, ozellikle verilis sekli itibari ile gerceklikten cok uzakta. Muhabirlerin cogu, nasil okuyup anlayacagini bilmiyor ama bir sekilde "haber" "degeri" kazandiracak sekilde aktarmayi biliyorlar.
O yuzden, pek kulak asmayin derim.

4 Kasım 2013 Pazartesi

Makale Nasil Yazilir? - 2

Makalenin ilk taslagi ciktiktan sonra, belki de asil ugrasiracak kismi baslar... Tarzan ingilizcemi, Sheakspere ( dogru yazdim mi bilmiyorum ) ingilizcesine cevirmek bayagi zaman alacak, tekrar tekrar yazmayi gerektirecek. Giris kisminda, calismanin neden yapildigini anlatmak icin, guzel bir aciklama gerekiyor. Bu da, belki yirmi otuz makaleye atif demek. Tabii, onune gelen makaleye atifta bulunamayacagin icin, yuzlerce makalenin taranmasi demek...
Bazen, calismada yer alan bir proteinin neden kullanildigini veya islevini anlatmak icin onlarca makaleye goz atip, iclerinden anladigimizi, tabii koplaya yapistir yapmadan kendimizce anlatmak gerekiyor.
Bir de, yazdiginiz makaleyi hangi dergiye gondereceginiz meselesi var. Bazi dergiler bayagi gozde, Science ya da Nature gibi. Impact Factor dedikleri birsey var, derginin bilimsel agirligini gosteriyor. Yanlis bilmiyorsam Science 20 civarinda olmasi lazim. Bizim gonderecegimiz dergi muhtemelen 4-5 civarinda olacak. Biraz agirdan almaya basladim yazi isini, bir an once toparlamam lazim.
Vesselam...

30 Ekim 2013 Çarşamba

Makale Nasil Yazilir?

Bir senedir uzerinde calistigimiz deneylerin makalesini yazmaya basladim sonunda. Okunulan onca makale, bilgiler, gorulen deneyler, ortaya attigin hipotez, sonra bunun projeye dokulmus hali, onun uzun uzadiya deneyleri, elde ettigin ya da edemedigin sonuclar... Bunlari toparlayip, bu alanda calisan diger insanlarin da anlayacagi bir duzene sokup, makale haline getirmeye calisma isi... Tabii toparlanmasi gereken bu kadar cok mesele olunca insan, makale yazarken kendini de dagitiyor :) Pubmed ile birlikte Facebook, twitter ve youtube'u en cok kullandigim zamanlar bunlar. Hatta simdi gun ortasinda tutup blog yazmak da bunlarin icinde yer aliyor. Sabah gelince bir maillere goz atip, kafani toplamak icin haberlere bir goz attiktan sonra, dunku kalinan yerden word dosyasi aciyorum. Haftasonu da geldigim icin kelime sayisi 2000 e yakin olmus , iyi. Persembeye kadar 3000 i gecersem hocaya sunarim eldekileri diyorum. Biraz donup dolaniyorsun yazmis oldugun paragraflarda. Aklima gelen birsey olursa paragraf ekleyip yeni bir fasil acabiliyorum. Sonra eksik birsey farkedip pubmede dalip on onbes makaleye goz atip istedigini bulabiliyorsun ya da sonraya birakiyorum.
Bilimsel de olsa, makale icin insanda kurgu yetenegi olmali. Hikaye gibi, dizi senaryosu gibi mantik baglarini kurup, kafandakini bir gelisim icinde anlatmalisin. Istersen bir sene once yaptigin deneyi en sonda anlatirsin, istersen en son buldugun seyi basa yazip buradan yola ciktik diyebilirsin. Nasil yaparsan yap, okuyucu onu kolayca okuyup kafasinda mantik taslarini dizebilmeli. Sadece bilgi yigini sunacak olursan, o yaptigin bir seyleri tamamlamaya degil de, cok guzel kafa karistirmaya yarar.
Bir kac paragraf gozden gecirip biraz ilerledikten sonra, hoca da yoksa biraz muzik acip dinliyorum. Eger makale ile cok mesgul ise kafam, klasik iyi gidiyor. Yok, makalenin biraz disina tasmis, dinlenmek filan icinse, biraz ara vermek mahiyetinde ise baska muzikler de olabiliyor. Bazen, diger makaleleri okurken veya kendi bulgularini gozden gecirirken, ya da cok alakasiz birseyler dusunurken, aklima kanser ile alakali garip seyler geliyor. Hemen hepsinin sonunda biryere cikmayacagini biliyorum ama gene de hosuma gidiyor hemen kalem kagida sarilip aklima geleni yazmaya basliyorum, bazen bir sayfayi buluyor bunlar.
Bazen gozum laboratuarin disina kayiyor. Hollywood tepeleri ve arkadaki beyaz hollywood yazisina kadar gorunuyor. Bazen laboratuar icinde volta atip, aklima birsey gelince de hemen bilgisayarin basina cokup aklima geleni yaziya dokuveriyorum...
Cok da ara vermemek gerekiyor, sonra toparlamasi ve birseyler yazmasi zor olabiliyor, yaziya doneyim en iyisi...

Prostat Meselesi...

Otobuste giderken, bazen homeless, yani sokakta yasayan insanlar biniyor otobuse. Dis gorunuslerinden  pejmurde hallerinden anlasiliyor. Bazilari, yogun bir urin kokusunu da beraberinde getiriyor.
Prostat kanseri hastalarla calistim bir sure. Eger prostat ameliyati gecirmisler ise, 1-1.5 sene kadar idrarini tutamiyorlar, bezle dolasmalari gerekiyor. Bir kisminda bu sorun kalici olabiliyor. Bunun disinda, eger prostat buyumesi filan varsa, bazen her saat basi idrar yapma ihtiyaci hissediyorlar.
Sokakta yasayan yasli insanlarin, muhtemelen bir kismi prostat hastasidir. Zaten sokakta yasiyor, saat basi nasil bulabilecek ihtiyacini gorebilecegi bir yer? Bugun otobuste gelirken de, yasli bir amca otobusten hemen acele ile indi, duragin kenarinda idrarini yapti.
Cok sukur, musluman memleketlerde camiler bol, tuvaletleri filan var da, bu durumda olan yaslilar cok zor durumda kalmiyor.
Bunlar da hayatin gercekleri. Hep 20-30 yaslari yasamayacagiz...

17 Ekim 2013 Perşembe

Kafa Kagidi - 12

Kurban bayraminda, STKlar bircok ulkede kurban kesip dagittilar. Allah kabul etsin, iyiliklerini daha da artirsin.
Yalniz, dikkat edilmesi gereken bir sey var. Bazi yerlerde, kurban eti dagitimini kameraya almislar. Hatta bazen bir degil, birkac kamera birden oradaki insanlara odaklanip cekim yapiyor, bazilari ellerinde telefonla cekim yapiyorlar. Kurban eti almaya gelen insanlarin bazilarinin yuzlerini kapattigi goruluyor.
Ecdadimiz, muhtaclara yemek dagitirken aksamin karanliginda yaparlarmis bu isi ki, utandirmayalim diye.
Keske, kurban sevincini dunyanin heryerine tasima gayretinin yaninda, biraz da o insanlarin izzeti nefislerine dokunmadan, gerekli hassasiyet gosterilerek yapilsa bu isler.
Vesselam...

13 Ekim 2013 Pazar

Hucre ve Yapitaslarinin Boyutu

Linkte, hucrenin, bakteri ve viruslerin, DNA nin boyutu interaktif olarak gosterilmis, fikir vermesi acisindan oldukca guzel. 

 http://learn.genetics.utah.edu/content/begin/cells/scale

28 Eylül 2013 Cumartesi

Gorebiliyorum!

Lise yillarinda yurtta kaliyordum. Bir sabah uyanip gozlerimi actim. Bembeyaz. Bembeyaz dedigim, kar yagmis filan degil, sadece beyaz, baska hicbirsey goremiyorum. Beyaztan baska renk yok, hicbir cisim yok, sadece beyazlik. Inanamadim, gozumu tekrar acip kapattim ama yine beyazliktan baska birsey yok. Bayagi korktum, bildigin birsey goremez haldeydim. Bir an icimi bir korku kapladi, kor olup birsey gorememek bayagi urkuttu, bircok sey gecti aklimdan...
Sonrasinda basimi ote yana cevirdim, oda oldugu gibi gozumun onundeydi. Renkleri goruyordum, dolabi, ranzayi, pencereyi. Meger yuzum duvara donuk uyanmisim, beyaz boyali dumduz duvar. Uyku mahmurlugu ve saskinliktan oturu beyazdan baska birsey goremeyince de bayagi korkmusum :)